拥抱晴空 - 时至今日，你任然是我的光。

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拥 抱 晴 空 时 至 今 日 ， 你 任 然 是 我 的 光 。 跳 至 内 容 拥 抱 晴 空 时 至 今 日 ， 你 任 然 是 我 的 光 。 菜 单 H o m e 专 题 关 于 联 系 信 息 f a s t a q 文 件 中 r e a d s 数 的 统 计 在 汇 总 测 序 的 基 本 信 息 时 经 常 需 要 从 f a s t a q 文 件 中 计 算 某 个 样 本 的 原 始 的 r e a d 数 量 。 f a s t a q 文 件 的 一 般 格 式 为 ： @ F C D 0 5 6 D A C X X : 3 : 1 1 0 1 : 2 1 6 3 : 1 9 5 9 # T C G C C G T G / 1 T C C G A T A A C G C T C A A C C A G A G G G C T G C C A G C T C C G A T C G G C A G T T G C A A C C C A T T G G C C G T C T G A G C C A G C A A C C C C G G A + g g g i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i g g g g g e e e c c c c c c ^ b c b c c c c c c c b c c c c c ] a a c c b b c c c ^ R ^ ^ a c c c c _ 每 四 行 一 条 记 录 ， 每 条 记 录 以 @ 符 号 开 始 ， 后 面 跟 着 的 是 该 r e a d s 的 标 识 符 ， 第 二 行 为 对 应 的 核 酸 序 列 ， 第 三 行 为 ‘ + ’ ， 第 四 行 为 序 列 的 质 量 信 息 ， 以 字 符 对 应 的 A S C I I 码 来 表 示 对 应 碱 基 的 测 序 质 量 。 因 此 ， 想 要 知 道 有 多 少 个 r e a d s 只 要 统 计 有 多 少 个 只 包 含 + 的 行 就 知 道 有 多 少 个 r e a d s 了 。 如 下 ： c a t y o u r . f a s t q . g z | g r e p c ^ + $ 有 些 人 给 出 的 方 法 是 ： c a t y o u r . f a s t q . g z | g r e p c ‘ + ’   或 c a t y o u r . f a s t q . g z | g r e p c ‘ ^ + ’ 这 两 种 方 法 都 是 不 严 谨 的 ， 因 为 第 四 行 的 质 量 信 息 中 也 是 包 含 了 ‘ + ’ 的 ， 如 果 只 是 统 计 包 含 ‘ + ’ 或 以 ‘ + ’ 开 头 的 行 会 多 统 计 出 一 部 分 数 据 来 ， 尤 其 是 第 一 种 情 况 。 因 此 ， 正 确 的 方 式 应 该 是 计 数 只 包 含 ‘ + ’ 的 行 。 此 外 要 注 意 的 是 ， 如 果 是 p a i r e n d 的 数 据 ， 一 个 样 本 是 包 含 了 两 个 文 件 的 ， 要 放 在 一 起 计 数 。 这 和 后 面 统 计 质 控 后 的 C l e a n r e a d s 以 及 计 算 后 面 比 对 r e a d s 的 比 例 有 关 系 。 作 者 斑 斑 发 布 于 2 0 2 0 年 9 月 3 日 2 0 2 1 年 9 月 1 5 日 分 类 测 序 、 生 物 信 息 标 签 f a s t a q 、 r e a d s c o u n t 、 s e q u e n c i n g 于 f a s t a q 文 件 中 r e a d s 数 的 统 计 留 下 评 论 几 种 不 同 来 源 的 R 包 安 装 方 法 R 自 带 安 装 工 具 # 在 线 安 装 i n s t a l l . p a c k a g e s ( ) # 本 地 安 装 : 从 网 址 上 下 载 p a c k a g e 到 本 地 i n s t a l l . p a c k a g e s ( * . t a r . g z o r * . z i p , r e p o s = N U L L ) 安 装 G i t H u b 上 的 p a c k a g e # 使 用 d e v t o o l s 安 装 l i b r a r y ( d e v t o o l s ) d e v t o o l s : : i n s t a l l _ g i t h u b ( “ Y i q u n L i H I T / S C I A ” ) # 偶 尔 出 现 在 线 无 法 安 装 的 时 候 可 以 使 用 本 地 安 装 ， 安 装 的 方 法 类 似 R 自 带 的 本 地 安 装 ， 先 从 G i t H u b 上 下 载 z i p 源 码 。 可 能 需 要 安 装 R t o o l s 。 i n s t a l l _ l o c a l ( * . z i p ) # 使 用 g i t h u b i n s t a l l 安 装 l i b r a r y ( g i t h u b i n s t a l l ) g i t h u b i n s t a l l ( “ S C I A ” ) 安 装 b i o c o n d u c t o r 上 的 p a c k a g e # 低 版 本 s o u r c e ( h t t p s : / / b i o c o n d u c t o r . o r g / b i o c L i t e . R ) b i o c L i t e ( S C I A ) # 高 版 本 l i b r a r y ( B i o c M a n a g e r ) B i o c M a n a g e r : : i n s t a l l ( S A R d b ) 作 者 斑 斑 发 布 于 2 0 2 0 年 2 月 1 4 日 2 0 2 1 年 9 月 1 4 日 分 类 R 语 言 、 计 算 机 于 几 种 不 同 来 源 的 R 包 安 装 方 法 留 下 评 论 测 序 基 本 信 息 ： 比 对 深 度 和 覆 盖 度 测 序 的 比 对 率 、 测 序 深 度 和 覆 盖 度 是 了 解 测 序 情 况 的 最 基 本 信 息 。 很 多 工 具 都 能 完 成 这 些 数 据 的 分 析 。 现 在 对 网 上 常 用 的 方 式 收 集 汇 总 了 一 下 ， 按 照 软 件 一 个 一 个 滴 说 。 1 . S a m t o o l s # 命 令 解 析 $ s a m t o o l s f l a g s t a t s a m p l e 1 . b a m 3 8 2 6 1 2 2 + 0 i n t o t a l ( Q C p a s s e d r e a d s + Q C f a i l e d r e a d s ) # 总 共 的 r e a d s 数 0 + 0 s e c o n d a r y 1 6 5 8 + 0 s u p p l e m e n t a r y 3 4 3 0 2 8 + 0 d u p l i c a t e s 3 8 2 4 6 4 9 + 0 m a p p e d ( 9 9 . 9 6 % : N / A ) # 总 体 r e a d s 的 匹 配 率 3 8 2 4 4 6 4 + 0 p a i r e d i n s e q u e n c i n g # 总 共 的 r e a d s 数 1 9 1 2 4 4 2 + 0 r e a d 1 # r e a d s 1 中 的 r e a d s 数 1 9 1 2 0 2 2 + 0 r e a d 2 # r e a d s 2 中 的 r e a d s 数 3 8 0 8 6 0 6 + 0 p r o p e r l y p a i r e d ( 9 9 . 5 9 % : N / A ) # 完 美 匹 配 的 r e a d s 数 ： 比 对 到 同 一 条 参 考 序 列 ， 并 且 两 条 r e a d s 之 间 的 距 离 符 合 设 置 的 阈 值 3 8 2 1 5 1 8 + 0 w i t h i t s e l f a n d m a t e m a p p e d # p a i r e d r e a d s 中 两 条 都 比 对 到 参 考 序 列 上 的 r e a d s 数 1 4 7 3 + 0 s i n g l e t o n s ( 0 . 0 4 % : N / A ) # 单 独 一 条 匹 配 到 参 考 序 列 上 的 r e a d s 数 ， 和 上 一 个 相 加 ， 则 是 总 的 匹 配 上 的 r e a d s 数 。 5 8 8 2 + 0 w i t h m a t e m a p p e d t o a d i f f e r e n t c h r # p a i r e d r e a d s 中 两 条 分 别 比 对 到 两 条 不 同 的 参 考 序 列 的 r e a d s 数 4 2 7 3 + 0 w i t h m a t e m a p p e d t o a d i f f e r e n t c h r ( m a p Q > = 5 ) # p a i r e d r e a d s 中 两 条 分 别 比 对 到 两 条 不 同 的 参 考 序 列 的 r e a d s 数 继 续 阅 读 “ 测 序 基 本 信 息 ： 比 对 深 度 和 覆 盖 度 ” 作 者 斑 斑 发 布 于 2 0 2 0 年 1 月 1 4 日 2 0 2 1 年 9 月 1 4 日 分 类 测 序 、 生 物 信 息 于 测 序 基 本 信 息 ： 比 对 深 度 和 覆 盖 度 留 下 评 论 文 章 导 航 页 1 页 2 … 页 6 下 一 页 搜 索 ： 搜 索 分 类 生 物 ( 3 ) 分 子 生 物 ( 1 ) 果 蝇 ( 2 ) 生 物 信 息 ( 9 ) 基 因 组 ( 2 ) 测 序 ( 2 ) 系 统 发 育 ( 1 ) 转 录 组 ( 3 ) 计 算 机 ( 4 ) P e r l ( 1 ) R 语 言 ( 3 ) 日 历 2 0 2 4 年 8 月 一 二 三 四 五 六 日   1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 1 6 1 7 1 8 1 9 2 0 2 1 2 2 2 3 2 4 2 5 2 6 2 7 2 8 2 9 3 0 3 1   « 9 月     归 档 2 0 2 0 年 9 月 2 0 2 0 年 2 月 2 0 2 0 年 1 月 2 0 1 9 年 7 月 2 0 1 8 年 1 0 月 2 0 1 8 年 8 月 2 0 1 8 年 7 月 2 0 1 8 年 6 月 2 0 1 8 年 4 月 标 签 云 A n y t h i n g i n h e r e w i l l b e r e p l a c e d o n b r o w s e r s t h a t s u p p o r t t h e c a n v a s e l e m e n t g g p l o t 2 R 果 蝇 转 录 组 s e q u e n c i n g r e a d s c o u n t f a s t a q 二 代 测 序 c u f f l i n k s 系 统 发 育 M P I M r b a y e s 分 子 生 物 学 氨 基 酸 密 码 子 T r i n i t y 序 列 组 装 R N A i R f a m 1 2 I n f e r n a l R N A 注 释 突 变 株 C A P 3 P e r l H o m e 专 题 关 于 联 系 信 息 苏 I C P 备 1 8 0 5 5 1 1 3 拥 抱 晴 空 自 豪 地 采 用 W o r d P r e s s

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